Il Chiostro, nella sua forma attuale, risale al XII secolo. E’ scandito da quadrifore e da una trifora con archi arabeggianti collocati su colonnine; è parte integrante del Museo del Sannio e ne ospita il Lapidario. Gli archetti sono a ferro di cavallo; sui capitelli si svolge un ampio ciclo scultoreo non unitario per soggetti ed esecutori. I sostegni sono in forma di colonna liscia se si esclude qualche caso isolato (una colonna è di tipo ofidico, un’altra è a treccia).
I capitelli sono costituiti da un capitello a sezione circolare su cui si appoggia un capitello di tipo a stampella. Sono 47 le colonnine, tutte diverse le une dalle altre, che corrono tutt’intorno al chiostro. La decorazione scultorea è in massima parte figurata ed i soggetti raffigurati sono di grande varietà. La divisione del giardino a quadrati serviva ai monaci per separare le coltivazioni del convento, costituite da ortaggi e erbe medicinali.